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目前我院有山東省醫(yī)藥衛(wèi)生重點學科1個，為血液內科,，市級醫(yī)學重點學科22個,，分別為內分泌代謝病科、呼吸與危重癥醫(yī)學科,、重癥醫(yī)學科,、泌尿外科、兒科,、神經外科,、護理學、骨科,、血液內科,、消化內科、神經內科,、心內科,、普外科、產科,、泌尿內科,、婦科、麻醉學,、臨床檢驗診斷學,、康復醫(yī)學與理療學、耳鼻咽喉科學,、口腔醫(yī)學,、胸外科學。

菏澤市衛(wèi)健委自2020年12月11日起啟動了菏澤市重點學科申報工作,，我院接到通知后,，院領導高度重視，于2020年12月18日成立了菏澤市立醫(yī)院重點學科建設工作領導小組,，召開了重點學科評審申報會議,，對《菏澤市醫(yī)學重點學科評審標準》進行了詳細解讀。為進一步加強重點學科建設,，我院制定了《菏澤市立醫(yī)院重點學科管理制度》《臨床重點?？?、重點學科建設實施方案》《菏澤市立醫(yī)院重點學科建設目標責任制管理辦法》等文件。

我院為了加強重點學科建設,，重視科研,、教學及人才培養(yǎng)，于2021年1月29日成立了科研創(chuàng)新團隊,，制定了科研創(chuàng)新團隊建設方案,，多次召開會議進行討論，并對科研創(chuàng)新團隊成員多次進行科研知識培訓,，近五年國家級科研立項5項,，省級立項27項，獲菏澤市科技進步獎59項,，繼續(xù)醫(yī)學教育項目共審批通過188項,，其中國家級7項、省級72項,、市級109項,。